ตามตำนาน มีการกล่าวถึงรูปแบบของพญานาคที่แตกต่างกันไป แต่ส่วนใหญ่จะแบ่งประเภทของนาคออกเป็น 4 ตระกูลดังนี้
1. ตระกูลวิรูปักษ์
นาคที่มีผิวกายเป็นสีทอง เป็นนาคชั้นสูงสุด ถือกำเนิดแบบโอปปาติกะ คือ การเกิดขึ้นเอง แล้วโตเลย มากด้วยอิทธิฤทธิ์และบุญบารมี มักถูกจัดอยู่ในชั้นเทพ พำนักอาศัยอยู่ในทิพย์วิมาน ที่คอยปกครองพญานาคทั้งหมด ต้นตระกูลคือ "ท้าววิรูปักษ์" ซึ่งเป็นหนึ่งในสี่มหาราชที่ปกครองสวรรค์ชั้นจาตุมหาราชิกา ด้านทิศตะวันตก พญานาคในตระกูลนี้ที่รู้จักกันดี อาทิ พญาสุวรรณนาคราช พญามุจลินท์นาคราช
2. ตระกูลเอราปถะ
ตระกูลที่นาคมีผิวกายเป็นสีเขียว พญานาคชั้นสูง ถือกำเนิดแบบโอปปาติกะ หรือแบบอัณฑะชะ คือ กำเนิดจากฟองไข่ มีขนาดใหญ่โตใกล้เคียงกับพญานาคตระกูลสีทอง อาศัยอยู่เมืองบาดาลไม่ลึกมาก เป็นตระกูลที่พบได้มากที่สุดและใกล้ชิดมนุษย์มากที่สุด ชอบขึ้นมาเที่ยวบนโลกมนุษย์ จนเกิดเป็นตำนานรักมากมายกับเหล่ามนุษย์ และหากบำเพ็ญเพียรบารมีจนแกร่งกล้า ก็จะสามารถแผ่เศียรได้ถึง 9 เศียรได้ ก็สามารถขึ้นเป็นพญานาคชั้นปกครองได้เช่นกัน พญานาคในตระกูลนี้ที่รู้จักกันดี คือ พญาศรีสุทโธนาคราชแห่งวังนาคินทร์คำชะโนด
3. ตระกูลฉัพพยาปุตตะ
ตระกูลนาคที่มีผิวกาย หรือเกล็ดเป็นสีรุ้ง ส่วนใหญ่ถือกำเนิดแบบชลาพุช คือกำเนิดจากครรภ์ อาศัยอยู่ในบาดาลหรือป่าลึก มีอิทธิฤทธิ์มาก แต่พบได้ยาก เพราะมักอาศัยอยู่ในที่ลึกลับ
4. ตระกูลกัณหาโคตะมะ
ตระกูลนาคที่มีผิวกาย หรือเกล็ดเป็นสีดำนิล ถือกำเนิดแบบสังเสทชะ คือ เกิดจากเหงื่อไคล และสิ่งหมักหมมต่างๆ หรือ แบบอัณฑชะคือเกิดจากไข่ มักมีร่างกายกำยำบึกบึน มักจะมีหน้าที่เฝ้าสมบัติของเมืองบาดาล และแม้จะเกิดในตระกูลที่ต่ำกว่าตระกูลอื่น แต่หากหมั่นบำเพ็ญเพียรจนมากญาณบารมี ก็สามารถเป็นพญานาคชั้นปกครองได้เช่นกัน พญานาคในตระกูลนี้ที่รู้จักกันดี คือ องค์ดำแสนสิริจันทรานาคราช กษัตริย์นาคราชยอดนักรบแห่งเมืองบาดาล
นอกจากนี้ ยังได้แบ่งพญานาคออกเป็นตระกูลย่อยๆ อีกถึง 1,024 ชนิด คือพวกสัตว์เลื้อยคลานประเภทงู ทั้งที่เป็นงูเห่า งูจงอาง งูเหลือม และงูทุกชนิดถือว่าเป็นลูกหลานของพญานาคทั้งสิ้น
สำหรับพญานาคที่อยู่ในพิภพบาดาลนั้น ตามตำนานกล่าวว่า มีนาคกษัตริย์ปกครองอยู่ 9 พระองค์ ดังนี้
1. พญาอนันตนาคราช เป็นเจ้าแห่งบาดาล ที่มี 1,000 เศียร เป็นราชาแห่งนาคทั้งปวงในเกษียรสมุทร มักจะแปลงร่างเป็นมนุษย์ รูปร่างสวยงาม ได้ตามเสด็จพระนารายณ์เสมอ เรียกอีกชื่อหนึ่งว่า เศษะ หรือ เศษนาค เป็นพญานาคที่ขดร่างเป็นแท่นบัลลังก์ เพื่อให้พระนารายณ์บรรทม เป็นที่มาของ "พระนารายณ์บรรทมสินธุ์"
2. พญามุจลินท์นาคราช เป็นพญานาคมีอานุภาพมาก อาศัยอยู่ที่สระโบกขรณี ใกล้ต้นไม้มุจลินท์ สายพันธุ์ของพญามุจลินท์นาคราช คือ พญานาค 7 เศียร ซึ่งสืบสายพันธุ์มาจนถึงพญาศรีสัตตนาคราช (นาคาธิบดีสีสัตตนาคบาดาล) ซึ่งเชื่อว่าเป็นกษัตริย์แห่งพญานาคที่ฝั่งลาว
3. พญาภุชงค์นาคราช เป็นพญานาคที่มีผิวกายเป็นสีเทา มีหงอนและเศียรสีแดง มีเศียร 1 เศียร เป็นเจ้าวิสุทธิเทวา เป็นพญานาคราชประจำองค์พระศิวะเทพ หรือพระอิศวร อยู่ในตระกูลฉัพพะยา ปุตตะ
4. พญาศรีสุทโธนาคราช มีผิวกายสีเขียวมรกต มีเศียรสีทอง 9 เศียร ผู้ครองเมืองหนองกระแสทางฝั่งไทย และมีบริวาร 5,000 ตัว เป็นพญานาคที่ชอบรักษาศีลปฏิบัติธรรม และมาที่วัดพระธาตุพนมเสมอ เป็นเพื่อนกันกับพญาศรีสัตตนาคราช ที่ปกครองอยู่ทางฝั่งลาว ต่อมาเกิดการสู้รบกันนานถึง 7 ปี เรื่องการแบ่งอาหารไม่ยุติธรรม พระอินทร์จึงยุติสงครามด้วยการให้พญานาคทั้งสองสร้างแม่น้ำแข่งกัน พญาศรีสุทโธนาคราช จึงพาบริวารไพร่พลอพยพออกจากหนองกระแส สร้างแม่น้ำมุ่งไปทางทิศตะวันออก ของหนองกระแส เมื่อถึงตรงไหนที่เป็นภูเขาก็คดโค้งไปตามภูเขา หรืออาจจะลอดภูเขาบ้างตามความยากง่าย ในการสร้าง พญาศรีสุทโธนาคราชเป็นคนใจร้อน แม่น้ำนี้จึงคดโค้ง เรียกชื่อว่า "แม่น้ำโขง"
5. พญาศรีสัตตนาคราช มีความเชื่อว่าเป็นกษัตริย์แห่งพญานาคแม่น้ำโขงด้านฝั่งลาว มีเศียร 7 เศียร เป็นตระกูลพญานาคที่มีมาแต่ครั้งพุทธกาล มีความใกล้ชิดพระพุทธองค์และพระพุทธศาสนา ถือว่าเป็นต้นตระกูลแห่งพญานาคทั้งหมด มีบริวาร 5,000 ตัว เป็นพญานาคที่ชอบรักษาศีลปฏิบัติธรรม และมาที่วัดพระธาตุพนมเสมอ เป็นเพื่อนกันกับพญาศรีสุทโธนาคราชที่ปกครองอยู่ทางฝั่งไทย
6. พญาเพชรภัทรนาคราช หรือพญาเกล็ดแก้วนาคราช เป็นพญานาคที่มีผิวกายสีเงินเหมือนแก้ว มีหงอนและเศียรสีแดง มีเศียรเดียว เป็นลูกขององค์อนันตนาคราช
7. พญานาคดำแสนศิริจันทรานาคราช เป็นพญานาคาราชตระกูลกัณหาโคตมะองค์สีดำ มีผิวกายเป็นสีดำ อายุเก้าหมื่นปี
8. พญายัสมัญนาคราช หรือพญายัสมันรายะนาคราช เป็นพระโอรสในพญาอนันตนาคราช และเจ้านางสร้อยแสงคีรี ทรงเป็นสหายร่วมรบกับพญาเพชรภัทรนาคราช พญาภาคินทร์นาคราช และ พญานฤบดินทร์นาคราช พญายัสมันนาคราชเจ้านั้น มีเทพเจ้าแห่งสมุทรเป็นผู้ประสิทธิ์วิชาให้ จึงทำให้เป็นเอก ในด้านการรบ
9. พญาครรตะศรีเทวานาคราช พระองค์เป็นหนึ่งในกองทัพนาคาธิบดี ทรงงดงามปรีชา สามารถโดดเด่น สมเป็นชายชาตินักรบ ทรงเก่งกาจ มีปัญญาล้ำเลิศที่สุด กายของพระองค์มีสีทองล้วน พระเศียร 9 เศียร ร่างกายกำยำใหญ่โต พละกำลังมหาศาล ชอบการจำศีล วิเวก รักสันโดษ ยึดมั่นถือมั่นวาจาเป็นสัจจะ
ลักษณะคนมีญานสัมพันธ์กับพญานาค และ นิสัยของนาคทั้ง 4 ตระกูล
ผู้ที่เชื่อว่าเกิดมาจากสายพญานาค จะเกิดมาพร้อมกับจิตสัมผัสพิเศษ และจะมีบักษณะเด่นๆ ดังนี้
1 มักฝันเห็นพญานาคบ่อยครั้ง ลักษณะของพญานาคที่ฝันเห็นจะเหมือนหรือคลายคลึงกับรูปปั้นพญานาคตามบันไดพระอุโบสถต่างๆ
2 เมื่อไปที่ไหนก็ตามมักจะมีงูมาปรากฎกายให้เห็น และงูจะไม่เข้ามาทำร้ายแต่จะมาให้เห็นแล้วจากไปเท่านั้น
3 หากไปวัดที่มีรูปปั้นพญานาคจะมีความรู้สึกรักใคร่ อยากใกล้ชิด และอบอุ่นใจเป็นที่สุด
4 หากรูปปั้นพญานาคตามสถานที่ต่างๆ จะเกิดความรู้ขนลุกขนชันอย่างไม่ทราบสาเหตุ
5 มักจะได้วัตถุธาตุบางชนิดเกี่ยวกับพญานาค อาจจะเป็น มณีนาคราช รูปปั้นพญานาค แหวนหรือกำไลพญานาคเป็นต้น
6 หากได้เจริญเจริญกรรมฐานจนได้เข้าถึงญาณสมาบัติ จะรับรู้ได้ถึงภพภูมิของตัวเอง
7 ชอบการทำบุญสร้างกุศล และสร้างบารมีอยู่เสมอ
8 มีความชอบหนังสือ ภาพต่างๆ หรือเรื่องราวของพญานาคมากเป็นพิเศษ
9 ชื่นชอบใรสถานที่เย็นๆ ที่อาจจะไม่ใช่แค่น้ำ แต่หมายถึง ในน้ำ ในถ้ำ บนภูเขา เพราะเนื่องจากพญานาคไม่ได้มีอยู่แค่ในน้ำ แต่ยังมีอยู่ในที่ต่างๆอีกด้วย
นิสัยของพญานาคแต่ละตระกูลที่เมื่อเกิดมาเป็นมนุษย์
ตระกูลวิรูปักษ์
ค่อนข้างเป็นตระกูลสูงส่ง มากด้วยทรัพย์ มากด้วยบริวาร มีสติเป็นเลิศ มักเป็นใหญ่ เป็นเจ้าคณะ เป็นเจ้าคนนายคน เป็นผู้นำหรือหัวหน้า ใจบุญ ชอบช่วยเหลือผู้อื่น ชอบความสวยความงาม หรูหรา พูดจาไพเราะ ทันคน มีสังคมค่อนข้างกว้างขวาง เพื่อนฝูงมากหน้าหลายตา มีรูปร่างหน้าตาที่ดี
ตระกูลเอราปถะ
เป็นนาคราชเจ้าเสน่ห์ ใครเห็นก็รัก มีมนุษยสันพันธ์ที่ดี มีเมตตา มีเพื่อนฝูงเยอะ เป็นที่พึ่งของเพื่อนฝูงและญาติสนิทมิตรสหายได้เป็นอย่างดี ชอบช่วยเหลือคนอื่น ชอบเข้าสังคมพบปะคนอื่น ชอบสังสรรค์พูดคุย เป็นคนดวงดี ชอบเสี่ยงโชค หากมีเวลามักเข้าวัดฟังธรรม สวดมนต์นั่งสมาธิ ทำบุญ ลักษณะนิสัยเป็นคนโกรธง่ายหายเร็ว มีความมั่นใจในตัวเองสูงในด้านความคิดและบุคคลิกภาพ
ตระกูลฉัพพยาปุตตะ
เป็นตระกูลที่ชอบเก็บตัว โลกส่วนตัวสูง รักสันโดษ ชอบเข้าวัดทำบุญ ปฎิบัติธรรม ใจดีมีเมตตาโดยเฉพาะกับสัตว์ทั้งหลาย มีความเป็นส่วนตัวสูงไม่ชอบสุงสิงคลุกคลีกับใครนอกจากเพื่อนสนิทและญาติพี่น้องเท่านั้น ไม่ไว้ใจใครง่ายๆแต่ถ้าจะรักใครแล้วรักจริง แต่ก็มักจะผิดในรักเสมอ
ตระกูลกัณหาโคตะมะ
เป็นพวก2บุคลิก บุคลิกดี ช่างเจรจา เฮฮา มีพวกพ้องเพื่อนฝูงเยอะ มีจินตนาการสวยงาม วาจาเป็นศิทธิ์ พูดดีได้ดี อีกบุคลิกคือ ร้าย ขี้กังวล ท้อง่าย เหนื่อยง่าย เวลาเหนื่อยไม่อยากพูดจาเงียบขรึม หากโมโหจะโมโหร้ายมาก เจ้าคิดเจ้าแค้น จองล้างจองผลาญ ผูกเวรผูกกรรม และบุคลิกทั่วไปจะชอบเข้าวัด ชอบไปในสถานที่ต่างๆที่มีพญานาค ไม่ชอบให้ใครข่มเหง มีความมั่นใจในตัวเองสูง เป็นตัวของตัวเอง ขี้ตกใจตื่นตระหนกง่าย ไม่ชอบคนโอ้อวดมากที่สุด และที่สำคัญไม่ชอบสวนมนต์เพราะตระกูลนี้จะหลับเป็นเวลาที่ยาวนาน